Первым директором музея был назначен Н.А. Тихомиров, с 15 ноября 1994 г. коллектив возглавляет Г.Ю. Стародубцев.

В конце 1993 года музею была передана усадьба с комплексом построек на пересечении улиц Гайдара и Пионеров,  известная среди курян под именем «Палат бояр Ромодановских». Усадьбу связывают с местными преданиями со знаменитым русским княжеским родом Ромодановских, несколько представителей которого были курскими воеводами в XVII в. В «Палатах» же якобы одну ночь провел прикованным цепью к стене подвала Степан Тимофеевич Разин, которого после подавления восстания в 1671 г. везли через Курск на казнь в Москву. Архивные изыскания и археологические исследования опровергли эти легенды. Оказалось, что и двухэтажное жилое здание и одноэтажный служебный флигель были построены в 1740-х гг. Но это не сделало архитектурный комплекс «Палат» менее уникальным, так как теперь научно доказано, что они являются самыми старыми из дошедших до наших дней светскими постройками г. Курска.

С самых первых дней в музее собрался творческий коллектив ученых, которые развернули активную работу по изучению древнейшей истории Курского края.

За прошедшие годы были проведены охранные исследования уникальнейших археологических памятников – древнерусского слоя Курска и Рыльска, Гочевского археологического комплекса – летописного древнерусского города Римова, Ратского, Люшинского – летописного древнерусского города Ольгова, городища Царский Дворец – пограничной крепости Великого княжества Литовского, Капыстичанского  и Жидеевского городищ; поселений эпохи бронзы у с. Гуторово и скифского времени около г. Льгова, раннеславянского поселения в окрестностях Замощанской дюны около с. Княжий 2, курганов эпохи бронзы у с. Коробкино и погребения кочевника XI - XII вв. на окраине д. Люшинка, а также курганного могильника колочинской культуры около д. Артюшково и кургана роменской культуры близ д. Шуклинка.

На базе музея работает постоянная Гочевская древнерусская археологическая экспедиция, возглавляемая директором музея Г.Ю. Стародубцевым.

Обнаруженные во время полевых исследований предметы пополняют фонды, насчитывающие 125 743 единиц хранения. С коллекциями постоянно ведется комплексная работа по их научной атрибутации, консервации, реставрации и подготовке к экспонированию. Многие хранящиеся в музее коллекции имеют не только региональное, но общероссийское значение. Наиболее значимыми является коллекция каменных орудий труда Авдеевской верхнепалеолитическая стоянки (23 – 20 000 лет назад); орудий труда, оружия, украшений и посуды с памятников скифского времени (городища Моисеевское, Марица, Переверзево I, Кузина Гора); находки из Волниковского захоронения эпохи Великого переселения народов (V в.н.э.); Суджанский и Гапоновский клады «антских» украшений VII в.; погребальный инвентарь раннехристианских захоронений Гочевского курганного могильника (конец X в. – 2-я половина XII в.); коллекция предметов и монет с Ратского археологического комплекса – столицы золотоордынской Курской «тьмы» в XIV в., Дичневский клад – комплекс русских женских украшений 2-й пол. XIV в., монеты, предметы вооружения и воинского снаряжения, посуда с городища Царский Дворец – единственного систематически исследуемого сегодня на Днепровском Левобережье пограничного феодального замка XIV – начала XV вв.

Наиболее интересные находки, состоящие из 2389 предметов,  представлены в постоянной экспозиции музея, посвящённой различным периодам истории Курского края от каменного века до эпохи развитого средневековья и занимающей 8 залов общей площадью 134,8 м².

В апреле 2006 г. у КГОМА появился филиал – Историко-этнографический музей. Фонды филиала насчитывают 2128 единиц хранения, часть которых выставлена в двух залах постоянной экспозиции (историко-этнографическом и современной истории). 

Курским государственным областным музеем археологии ведется активная исследовательская работа, позволившая музею стать одним из ведущих научных центров по изучению далекого прошлого «соловьиного» края. Сотрудники музея принимают участие в работе российских и международных конференций, симпозиумов и съездов.

Музей проводит активную деятельность по популяризации краеведческих и исторических знаний о прошлом Курского края. Его работе часто освещается в новостях местных теле- и радиоканалах, на страницах местных газет и журналов, несколько раз передачи о деятельности музея и его сотрудников показывали по федеральным каналам.

Просветительская деятельность  является одним из основных направлений работы музея. Для каждой социальной группы разработана своя программа, в рамках которой учитываются возраст, интересы, и возможности определённой аудитории. Активно развивается и пополняется музейный сайт, а в одном из залов постоянной экспозиции посетители при помощи созданных сотрудниками музея интерактивных программ могут более полно познакомится с разнообразной деятельностью музея и отдельными экспонатами выставленными как в залах музея, так и хранящимися в его фондах.

Помимо практических занятий сотрудниками музея совместно с кафедрой ДиНО Курского областного ИПКиПРО было разработано и издано методическое пособие для учителей «Археология для детей старшего дошкольного и младшего школьно возраста». Программа используется институтом в рамках подготовки и повышения квалификации педагогов начальных классов.

Проводимые музеем экскурсии, лекции, историко-познавательные игры и массовые мероприятия пользуются большим успехом, а общая численность посетителей достигает 35 000 человек в год.  

Цикл статей "Наш уникальный музей. И мы можем удивить..."